Указав в качестве источника пустую директорию, удаляем всё.
rsync -r --delete /пустая_директория/ /директория_которую_удалить/
Говорят, что это работает даже быстрее rm -rf (и, к тому же, не вылетает с ошибкой "слишком много файлов", как это бывает у rm).
